Après la mort de ce dernier, elle s’est d’abord déclarée régente de son jeune fils Thoutmosis III, puis a assumé la royauté sous son propre nom, affirmant que son père Thoutmosis I avait voulu qu’elle soit son héritière. Sous son règne, la politique égyptienne était pratiquement la même que sous celui de Thoutmosis II, ce qui confirme l’idée qu’elle était le véritable pouvoir pendant son règne. En outre, plusieurs scènes en relief provenant d’une porte de Karnak datant du règne de Thoutmosis II les représentent tous les deux ensemble, tandis que d’autres la représentent seule, comme c’est habituellement le cas pour le roi. À la fin de son règne, son cartouche est représenté sur la porte de Karnak, ce qui prouve qu’elle était considérée comme un roi légitime à l’époque, même si d’autres preuves de sa royauté ont été effacées plus tard sous le règne de Thoutmosis III, qui la considérait comme sa régente.
L’une des rares traces du règne de Thoutmosis II est l’Inscription de la campagne de Thoutmosis II en Nubie pour écraser les Nubiens rebelles en 1527 avant JC. Elle a été découverte à la fin du 19ᵉ siècle. Elle a été découverte à la fin des années 1800 le long de la route entre Thèbes et Philae, qui était une île près de la première cataracte du Nil avant que la création du lac Nasser n’inonde la région dans les années 1970. De l’avis général, Thoutmôsis II n’a pas participé à la campagne en Nubie et son héraut Ahmès fils d’Nekhbet ne l’a pas mentionnée dans son autobiographie.