Pneumokokus merupakan bakteri Gram positif, berbentuk lanset, diplokokus, fakultatif anaerob dan bersifat fastidious. Bakteri ini secara alami mengkolonisasi nasofaring tanpa adanya gejala apapun, namun dapat bermigrasi ke darah, cairan serebrospinal (otak), dan cairan pleura sehingga menyebabkan invasive pneumococcal diseases (IPD) seperti radang paru-paru (pneumonia), bakteremia, dan radang selaput otak (meningitis). Kolonisasi pneumokokus di nasofaring menjadi tahap awal berkembangnya penyakit dan sumber penyebaran bakteri di komunitas. Anak-anak merupakan kelompok resiko tinggi terinfeksi pneumokokus. Faktor virulensi utama pada pneumokokus adalah kapsul polisakarida. Komposisi kapsul polisakarida menentukan serotipe pada pneumokokus. Saat ini telah teridentifikasi lebih dari 100 serotipe pneumokokus berdasarkan komposisi kapsul polisakaridanya.
Polisakarida kapsul pneumokokus disintesis oleh gen-gen yang berada pada lokus cps sehingga penentuan serotipe (serotyping) dapat dilakukan secara serologis (reaksi antara antisera dengan polisakarida kapsul yang menghasilkan swelling) dan molekuler dengan mendeteksi keberadaan gen pada lokus cps. Beberapa serotipe yang sering menyebabkan IPD disebut sebagai serotipe invasif, seperti serotype 3, 19F, 19A, 6B, 9V, dan 7F. Surveilans mengenai distribusi serotipe pneumokokus baik di komunitas maupun rumah sakit perlu dilakukan guna menilai resiko peningkatan kasus IPD. Beberapa penelitian di Indonesia menunjukkan bahwa sebagian besar serotipe invasif ditemukan bersirkulasi di populasi anak – anak sehat dan menjadi penyebab pasien IPD.